Pretpostavke:
1 – Imaš instaliranu jre-6u14-linux-i586.bin, u folderu /usr/lib/jvm/jre1.6.0_14 (predpostavljam da to znaš da odradiš)
2 – JDownloader ti je raspakovan, npr. u /home/xxx/.jd folderu
Komanda kojom u terminalu pokrećeš JDownloader je:
/usr/lib/jvm/jre1.6.0_14/bin/java -jar -Xmx512m /home/xxx/.jd/JDownloader.jar
Ili još bolje napraviš lancher na Desktopu ili Panelu, i u polju command upiseš gornju komandu. A putanja za ikonu ti je /home/xxx/.jd/jd/img/logo/icon.ico
Provereno, i radi na Debian Lenny amd64.