Pokreni fc-cache kao korisnik i proveri podešavanja za fontove pod System->Preferences->Fonts (da li je dobra veličina fonta, i pod advanced DPI, subpixels, hinting…)
Ako i dalje nema razlike, jedino da kreneš pešački da upoređuješ .gnome* .gconf* i ostale .* (možda neki .font*) datoteke podešavanja sa korisnikom gde je sve dobro ne bi li otkrio krivca … Možda i jedno čišćenje /tmp-a pomogne…