1. Možeš da ukloniš “Joomla copyright notice”, mada ne bi bilo loše da ostaviš to negde bar komentovano u kodu (jer bi trebalo da stoji negde u kodu ali ne mora da se vidi na generisanoj web stranici). Što se tiče teme, proveri licencu pod kojom se tema objavljuje. Ukoliko je pod GNU/GPL-om verovatno ćeš moći isto da postupiš.
2. To zaista zavisi. Prvo, pitanje je šta to znači “ali sam ipak vršio značajnije prepravke”, koliko si vremena potrošio a zatim i to da li unosiš i sadržaj ili samo praviš osnovu web aplikaciju u koji će podatke unositi neko iz te knjižare. Mislim da si trebao da dogovoriš cifru pre počinjanja posla. Dakle, saberi sve i oduzmi, pa sam proceni.